Fokus program pembelajaran bagi jenjang SMP adalah eksplorasi yang bertujuan untuk menemukan dan menajamkan area minat dan bakat para francisians. Jenjang SMP juga fokus pada pelaksanaan personal project , kegiatan ekstrakurikuler dan pelaksanaan personal study plan sesuai dengan minat dan bakat.
Pengembangan karakter melalui penerapan MIRACLE bagi jenjang SMP berfokus pada pengembangan diri dan disiplin diri.
Fokus program pembelajaran bagi jenjang SMA adalah berfokus pada pengembangan kompetensi sesuai dengan career plan masing-masing siswa. Pengembangan karakter pada jenjang SMA melalui penerapan MIRACLE yang berfokus pada pembangunan sikap profesional dan kepemimpinan